Vor dem Spanisch-Südamerikanischen Krieg (1865–71) hatte die spanische Flotte den Hafen von Callao ab dem 14. April 1864 blockiert, was den peruanischen Guano-Export zum Erliegen brachte. Peru schloss sich am 5. Dezember 1865 Chile an, welches bereits einige Monate vorher Spanien den Krieg erklärt hatte. Am 2. Mai 1866 entschloss sich der spanische Admiral Mendez Núñez zum Beschuss von Callao, die Stadt war allerdings mit 96 Kanonen gut bestückt, so dass die Spanier viele Tote und beschädigte Schiffe zu beklagen hatten. Es starb dabei allerdings auch der peruanische Verteidigungsminister. Nach diesen Aktionen endeten die aktiven Kriegshandlungen, die spanische Flotte zog sich auf die Philippinen zurück.
Im Salpeterkrieg blockierte die chilenische Marine ab April 1880 den Hafen der Stadt. Die Stadt wurde aber erst im. Januar 1881 von chilenischen Truppen besetzt.
Am 24. Mai 1940 wurde die Stadt von einem weiteren schweren Erdbeben heimgesucht.
Am 28. April 1947 startete Thor Heyerdahl von Callao aus zu seiner ersten Expedition mit der Kon-Tiki.
Heute beherbergt Callao ein Militärgefängnis der peruanischen Marine, in dem unter anderem der Führer der Rebellengruppe Sendero Luminoso Abimael Guzmán und der wegen Korruption verurteilte ehemalige Chef des Sicherheitsdienstes unter Präsident Alberto Fujimori Vladimiro Montesinos inhaftiert sind.