Die bis vor wenigen Jahren früheste bekannte Hochkultur war die der Chavín de Huántar, die von ungefähr 800 v. Chr. bis 300 v. Chr. existierte, die aber inzwischen auch bis etwa 1200 v. Chr. zurückdatiert wurde. Die Nazca-Kultur, heute vor allem durch die Nazcalinien bekannt, entwickelte sich von ca. 200 v. Chr. bis rund 600 n. Chr. in der Gegend um Nazca. Um den Titicacasee entwickelte sich ab dem 1. Jahrhundert v. Chr. bis etwa 1000 n. Chr. die Tiahuanaco-Kultur. An der Küste entstanden im Bewässerungsgebiet der Andenflüsse im ersten Jahrtausend n. Chr. differenzierte Kulturen wie die der Moche in der Region um Lambayeque. Vor dem Inkareich war Chan-Chan als Hauptstadt der Chimú eine Großstadt mit entwickelter städtischer Kultur. Das Reich der Inka entstand um 1200 und umspannte bis 1532 große Teile der heutigen Staaten Kolumbien, Ecuador, Peru, Bolivien, Argentinien und Chile. Die auf den Hochebenen Perus gelegene Stadt Cuzco war die Hauptstadt.
Die Spanier eroberten ab 1532 das Land und gründeten für die spanische Krone das Vizekönigreich Peru, das auf seinem Höhepunkt vom heutigen Panama bis zum äußersten Süden des Kontinents reichte. Im 18. Jahrhundert wurde es aber durch die Ausgliederung der Vizekönigreiche Neugranada und La Plata verkleinert.
Im Jahr 1780 entwickelte sich aus Protesten gegen aufgezwungenen Warenkauf eine Aufstandsbewegung, deren Führung der Indigene José Gabriel Condorcanqui übernahm. Unter Berufung auf seine Abstammung vom letzten Inka-Herrscher nannte er sich Tupac Amaru II. Sein Ziel war eine Republik, in der Weiße, Mestizen, Indigene und Schwarze gleichberechtigt zusammenleben sollten. Anfänglich wurde die Bewegung auch von städtischen Weißen und Priestern unterstützt, diese gingen zu den vergleichsweise radikalen Zielen jedoch schnell auf Distanz. Der Aufstand wurde niedergeworfen, Condorcanqui, seine Frau und seine Mitstreiter in Cuzco öffentlich gefoltert und hingerichtet.
Anschließend beraubten die Spanier der indigenen Aristokratie ihrer letzten Privilegien und verboten den Gebrauch indigener Sprachen und Symbole.