Außenpolitisch unterhielt Cerro gute Beziehungen zu Francos Spanien und dem nationalsozialistischen Deutschland. Sein Nachfolger Manuel Prado (1939–1945) beendete diese Politik. Peru unterstützte die Alliierten im Zweiten Weltkrieg mit Rohstofflieferungen. Der Kriegseintritt erfolgte erst am 12. Februar 1945, was aber doch zur Folge hatte, dass sich alle Deutschen für ein paar Monate nur noch in Lima aufhalten durften, darunter auch Maria Reiche, die Dresdner Kartografin der Nasca-Linien. Zuvor jedoch, im Jahr 1941 marschierte die peruanische Armee in den Süden von Ecuador ein und löste damit den Peruanisch-Ecuadorianischen Krieg aus. Das peruanische Militär brannte die Stadt Santa Rosa nieder, besetzte den wichtigen Bananenhafen Machala und bedrohte Guayaquil. Ecuador musste daraufhin 1942 im Vertrag von Rio de Janeiro die Hälfte seines verbliebenen Territoriums an Peru abgeben, zum großen Teil Gebiete vor allem im Osten und Südosten am Amazonas um Iquitos. Der letzte Grenzkrieg entzündete sich 1995 an Streitigkeiten um diesen Vertrag, und wurde offiziell erst 1999 durch einen nunmehr als „endgültig“ bezeichneten Grenz- und Friedensvertrag beendet.
Ab 1945 gab es wechselnde Richtungen der Politik mit neuen Parteien und teilweise nur regional zuständigen Regierungen. Es entstand eine Protestbewegung der Bauern gegen US-amerikanische und einheimische Großgrundbesitzer, die jedoch vom Militär gewaltsam zerschlagen wurde.
Unzufriedenheit unter den jüngeren Militärs mit der Regierung, vor allem über die Kontrolle des Erdöls durch eine nordamerikanische Gesellschaft, führte 1968 zu einem neuen Staatsstreich. Eine Militärjunta unter Juan Velasco Alvarado übernahm die Regierung. Diese versuchte, durch Reformen ein gemischtwirtschaftliches System zu etablieren.